Theo Quyết định số 5955/QĐ-BNNMT ngày 31 tháng 12 năm 2025 của Bộ Nông nghiệp và Môi trường Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trường Đại học Tài nguyên và Môi trường Thành phố Hồ Chí Minh; Trường có 09 Khoa trực thuộc:
- Khoa Môi trường (Có website riêng)
- Khoa Quản lý đất đai (Có website riêng)
- Khoa Công nghệ thông tin (Có website riêng)
- Khoa Trắc địa, Bản đồ và Công trình (Có website riêng)
- Khoa Kinh tế (Có website riêng)
- Khoa Khí tượng, Thủy văn và Tài nguyên nước (Có website riêng)
- Khoa Địa chất và Khoáng sản (Có website riêng)
- Khoa Khoa học ứng dụng (Có website riêng)
- Khoa Luật, Lý luận chính trị và Giáo dục thể chất – Quốc phòng an ninh (Có website riêng)