Theo Quyết định số 5955/QĐ-BNNMT ngày 31 tháng 12 năm 2025 của Bộ Nông nghiệp và Môi trường Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trường Đại học Tài nguyên và Môi trường Thành phố Hồ Chí Minh;; Trường có 07 phòng chức năng:
- Phòng Tổ chức – Hành chính (Có website riêng)
- Phòng Quản trị Cơ sở vật chất (Có website riêng)
- Phòng Kế hoạch – Tài chính (Có website riêng)
- Phòng Đào tạo (Có website riêng)
- Phòng Khoa học Công nghệ và Quan hệ đối ngoại (Có website riêng)
- Phòng Công tác sinh viên
- Phòng Khảo thí và Đảm bảo chất lượng (Có website riêng)